La compartimentation est l’une des caractéristiques des cellules eucaryotes, et différents processus biochimiques peuvent être divisés par structure spatiale. La microscopie et l’analyse par spectrométrie de masse peuvent être utilisées pour analyser le protéome de différents organites, mais il est encore difficile d’utiliser directement ces deux méthodes pour identifier l’interactomique dans de nombreux compartiments intracellulaires.
Afin d’identifier les interactomes dans différents compartiments des cellules humaines, le 2 juin 2021, le groupe de recherche Anne-Claude Gingras de l’Institut Lunenfeld-Tanenbaum au Canada a publié un article intitulé A proximity-dependent biotinylation map of a human cell, A map of human cells was established by means of biotinylation of adjacent markers.
lebiotine-la méthode de étiquetage de proximité dépendante peut être employée pour décrire l’environnement intracellulaire occupé par les protéines dans la cellule. Par exemple, la technologie BioID utilise la biotine ligase BirA* (* signifie mutant), qui contient une mutation du site R118G, qui peut être utilisée comme « appât » pour fusionner avec la protéine cible et exprimée dans des cellules cultivées ou dans un système multicellulaire. dans. La protéine biotinylée peut ensuite être capturée par la streptavidine, et la protéine en interaction peut être analysée par spectrométrie de masse. Étant donné que le diamètre moyen de la protéine globulaire est de 5 à 10 nm, le rayon d’étiquetage de cette technologie peut directement étiqueter la protéine en interaction de la biotine. À l’heure actuelle, la technologie BioID a été utilisée avec succès pour définir la composition de nombreux complexes protéiques différents, l’identification de la liaison membranaire et l’organisation spatiale des organites sans membrane.
Afin d’identifier davantage le protéome en interaction dans les cellules vivantes humaines, les auteurs ont utilisé la technologie BioID pour étiqueter 234 protéines intracellulaires dans 32 composants cellulaires différents comme « appât » pour attraper les protéines en interaction afin d’établir la structure de l’organisation des protéines dans les cellules humaines vivantes. Chaque protéine d’appât sera étiquetée avec BirA*, puis une ligne d’expression stable de cellules HEK sera établie. En comparant les protéines en interaction identifiées avec le témoin négatif, les auteurs ont évalué la fiabilité des facteurs d’interaction capturés. Au total, 192 marqueurs protéiques candidats ont réussi l’évaluation de la qualité, et un total de 35 902 interactions ont été identifiées. Facteur d’action.
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